Странно, похоще что база не корректно конвертировалась в новый формат. При первом запуске 0.9.9.12 не было каких-либо сообщений об ошибках? Какая версия стояла до этого?
Приложите Ваш файл конфигурации "C:\Documents and Settings\%USERNAME%\Application Data\Personal Video Database\pvdconf.ini"