Могу посоветовать Media Coder:
http://mediacoder.sourceforge.net/download.htmЧесно говоря, не вникал чем она пользуется при открытии файла, но очень похоже, что чем то своим, а не системными кодеками. (При открытии mkv через VirtualDubMod у меня появлялась с СистемТрее иконка HaaliMedia Splitter'a, а при открытии через MediaCoder её нет).
Есть настройки типа:
- Кодировать видео дорожку (Xvid, H264, ...) или копировать как есть
- Кодировать аудио дорожку (MP3, AC3, ....) или копировать как есть
Для кодирования использует точно свои кодеки, которіе ставятся вместе с прогой в её же папку. В отличие от VirtualDub'a можно не нужно задавать каждый проход отдельно (для 2-х проходного кодирования), а просто выставить, что нужен двухпроходной режим. Обрезка и изменения размера тоже есть.
Прога безплатная. Русский интерфейс, кажеться, есть (не помню точно, я щас на работе, а прога дома)
З.Ы. Это не реклама ;-)